Станция была создана в 1990 году и начала вещание в январе 1991 года в диапазоне средних волн. Поначалу эфир радиостанции строился на смешанном формате англоязычной и русскоязычной музыки. Основой музыкального формата служил мейнстрим, но в эфир выходили и программы классического рок-н-ролла, джаза, реггей, ретро, хауса и других стилей.
«Радио Балтика» всегда строила свои программы на принципе сохранения нейтральной политической позиции. Информационная служба станции практически ежечасно выходит с выпусками новостей. К заслугам «Радио Балтика» можно отнести впервые созданную круглосуточную эфирную службу «Народные новости», собирающую информацию от слушателей радиостанции.
Большую популярность «Радио Балтика» завоевала в дни августовского путча 1991 года, когда станция фактически оказалась единственным (наряду с радиостанцией “Открытый город”) средством массовой информации в Санкт-Петербурге, способным постоянно и оперативно сообщать последние известия о событиях в стране. В те дни слушателями даже были построены баррикады для защиты любимой станции от возможного нападения путчистов.
В 1992 году рекламная радиопередача «Трое в лодке», выходившая в эфир радиостанции с 1991 г. по 1997 г., была удостоена общенациональной премии «Золотой Остап», как лучшая радиопередача в жанре сатиры и юмора.
Начиная с 1994 года на «Радио Балтика» стартует новый проект «Русский канал». Отныне радиостанция, первая в России, стала ориентированной только на русскоязычную музыку. В 2005 году радио “Балтика” начинает сотрудничество с телеканалом “100ТВ”(Санкт-Петербург)и в ночной прямой эфир выходит программа “FM-TV”(С 00:00 ДО 06:50).